1.強化東台灣原住民弱小教會青少年及兒童主日學事工
本院自2007學年度起，開啟偏遠部落兒童及青少年福音工作、成長關懷事工，鼓勵定居部落的信徒、重新恢復部落教會的重要禮拜，受派之神學生與大專生學習在最困難的處境委身服事、規劃在地教會人才訓練的機制、建立城鄉教會互助宣教、合作分享的平衡發展。每年所需費用，預計600萬元。
2.學生獎助學金
本院學生幾乎都是來自原住民族不同族群，一半以上皆以貸款方式支付其學雜費。因此，為了鼓勵有心成為傳道人者安心完成學業，本院設立「學生獎助學金」資助學生學雜費、伙食費等。每年所需經費，預計800萬元。
3.國際學生獎助學金
協主普世教會培育國際原住民教會人才需求，預計100萬。
